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6 September 2012 Comparison of Multilocus Sequence Analysis and Virulence Genotyping of Escherichia coli from Live Birds, Retail Poultry Meat, and Human Extraintestinal Infection
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Abstract

To examine the correlations between virulence genotyping and multilocus sequence analysis of Escherichia coli from poultry and humans, 88 isolates were examined. The isolates were selected from a population of over 1000 based on their assignment to nine different virulence genotyping clusters. Clustering based on multilocus sequence analysis mostly correlated with virulence genotyping, although multilocus sequence analysis demonstrated higher discriminatory ability and greater reliability related to inferred phylogenetic relationships. No distinct patterns in host source were observed using inferred phylogeny through multilocus sequence analysis, indicating that human, avian, and retail meat isolates are diverse, and some belong to multiple shared clonal complexes. Clonal complexes with host source overlap included ST95 and ST23 and additional novel groups, underscoring the diversity of avian pathogenic E. coli and the potential importance of these novel groups as avian and zoonotic pathogens.

Nota de Investigación—Comparación entre el análisis de secuencias multilocus y la genotipificación por virulencia de cepas de Escherichia coli obtenidas de aves vivas, de expendios de venta de carne de aves al menudeo y de infecciones extraintestinales en humanos.

Para examinar las correlaciones entre la genotipificación por virulencia y el análisis de secuencias multilocus de cepas de Escherichia coli obtenidas de aves de corral y de humanos, se examinaron 88 aislamientos. Los aislados fueron seleccionados de una población de más de 1000 con base en su asignación en nueve grupos diferentes de genotipos de virulencia. El agrupamiento basado en el análisis de secuencias multilocus mostró correlación principalmente con la genotipificación por virulencia, aunque el análisis de secuencias multilocus demostró poseer mayor capacidad discriminatoria y una mayor confiabilidad de acuerdo con las relaciones filogenéticas inferidas. No se observaron patrones distintos con relación a los hospederos mediante inferencias basadas en la filogenia por el análisis de secuencias multilocus, lo que indica que los aislamientos de humanos, de aves y de expendios de venta de carne son diversos, y algunos pertenecen a complejos clonales múltiples compartidos. Los complejos clonales con hospederos de origen comunes incluyeron los grupos ST95 y ST23 y los grupos adicionales nuevos subrayan la diversidad de cepas patógenas de E. coli y la importancia potencial de estos nuevos grupos como patógenos aviares y zoonóticos.

American Association of Avian Pathologists
Jessica L. Danzeisen, Yvonne Wannemuehler, Lisa K. Nolan, and Timothy J. Johnson "Comparison of Multilocus Sequence Analysis and Virulence Genotyping of Escherichia coli from Live Birds, Retail Poultry Meat, and Human Extraintestinal Infection," Avian Diseases 57(1), 104-108, (6 September 2012). https://doi.org/10.1637/10218-042812-ResNote.1
Received: 5 May 2012; Accepted: 1 August 2012; Published: 6 September 2012
JOURNAL ARTICLE
5 PAGES


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