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9 April 2013 Development and Validation of One-Step SYBR Green Real-Time RT-PCR for the Rapid Detection of Newly Emerged Duck Tembusu Virus
Zongliang Liu, Yuguang Fu, Yanhong Ji, Jianzhong Wei, Xuepeng Cai, Qiyun Zhu
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Abstract

Duck Tembusu virus (DTMUV) is a single-stranded positive-sense RNA virus that causes disease to emerge in duck flocks and results in huge economic losses to the duck industry. However, no vaccines and control measures are available in China to date. Development of reliable and fast detection methods is necessary to prevent and control this disease. Therefore, a one-step SYBR Green real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) method is established here for DTMUV detection. The results show that the method can specifically detect DTMUV without cross-reactions with selected avian pathogens. The sensitivity of the assay was 1000 times greater than that of a conventional RT-PCR and able to test as few as 20 copies from RNA standard samples. The coefficients of variations of inter- and intra-assay values ranged from 0.09% to 0.36% and 0.1% to 0.23%, respectively. Testing 168 field samples and 96 experimentally infected samples by conventional RT-PCR and the one-step SYBR Green real-time RT-PCR, the positive rates were 35.1% and 73.8% from field samples and 30.2% and 64.6% from infected samples. The one-step SYBR Green real-time RT-PCR developed in this study was shown to be a sensitive, specific, high-throughput, cost-effective, and simple diagnostic tool for the rapid detection and epidemiological surveillance of the emerging DTMUV infection.

Desarrollo y validación de un método de RT-PCR en tiempo real con SYBR Green para la detección rápida del virus de los patos Tembusu de nueva aparición.

El virus de los patos Tembusu (con las siglas en inglés DTMUV) es un virus ARN de cadena simple y con sentido positivo que causa una enfermedad que se está presentando en las parvadas de patos y ocasiona enormes pérdidas económicas en la industria de los patos. Sin embargo, no hay hasta la fecha vacunas y medidas de control disponibles en China. Es necesario el desarrollo de métodos de detección rápidos y confiables para prevenir y controlar esta enfermedad. Por lo tanto, se estableció un método de transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) en tiempo real con SYBR Green, para la detección del virus Tembusu. Los resultados muestran que el método puede detectar de manera específica al virus Tembusu sin reacciones cruzadas con otros patógenos selectos. La sensibilidad del método fue 1000 veces mayor que la del método de RT-PCR convencional y fue capaz de detectar hasta 20 copias de ARN en muestras estándar. Los coeficientes de variación inter e intra-método tuvieron un rango de 0.09% a 0.36% y de 0.1 a 0.23%, respectivamente. En un análisis de 168 muestras de campo y 96 muestras infectadas experimentalmente mediante RT-PCR convencional y por el método en tiempo real con SYBR Green, los porcentajes de positivos fueron 35.1% y 73.8% en las muestras de campo y de 30.2% y 64.6% de las muestras infectadas. El método de RT-PCR en tiempo real con SYBR Green desarrollado en este estudio demostró ser una herramienta diagnóstica sensible, específica, de alto rendimiento, de buen costo y simple para la detección rápida y para el muestreo epidemiológico de la infección por el virus Tembusu de nueva aparición.

American Association of Avian Pathologists
Zongliang Liu, Yuguang Fu, Yanhong Ji, Jianzhong Wei, Xuepeng Cai, and Qiyun Zhu "Development and Validation of One-Step SYBR Green Real-Time RT-PCR for the Rapid Detection of Newly Emerged Duck Tembusu Virus," Avian Diseases 57(3), 595-601, (9 April 2013). https://doi.org/10.1637/10484-010713-Reg.1
Received: 17 January 2013; Accepted: 1 March 2013; Published: 9 April 2013
JOURNAL ARTICLE
7 PAGES


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