Peromyscus schmidlyi is an endemic rodent from the forested highlands of the Sierra Madre Occidental (SMO) in Mexico. Using 2 genetic markers (cytochrome-b and D-loop) we explored the possible relationship between a recently proposed division of pine–oak forests of the SMO into specific regional communities and patterns of genetic and morphometric variation in P. schmidlyi. We found no genetic structure or significant relationships between either marker and ecological or morphometric variation. Phylogenetic and haplotypic network analyses revealed no geographically structured clusters; phylogenetic trees were shallow and networks were star-shaped. No signal of selection was detected for either marker at the local level. All available evidence suggests that the current distribution of P. schmidlyi is the result of dispersal into the SMO followed by rapid population expansion throughout the area in the late Pleistocene, following the glacial cooling of the SMO highlands.

Peromyscus schmidlyi es un roedor endémico de los bosques de pino–encino de las partes altas de La Sierra Madre Occidental (SMO), México. Utilizando dos marcadores moleculares (Citocromo B y D-loop), se evaluaron las posibles relaciones entre la variación genética y morfométrica de las poblaciones de P. schmidlyi y la recientemente propuesta regionalización de las comunidades vegetales de las partes altas de la sierra. No encontramos estructura genética, ni relaciones significativas entre la variación genética de ningún marcador y la variación ecológica o morfométrica. El análisis de filogenias y redes haplotípicas no reveló grupos significativos geográficamente estructurados, más bien, lo que se obtuvo fueron árboles con poca profundidad y redes en forma de estrella. Asimismo, las pruebas de neutralidad por localidad fueron no significativas y no se encontró evidencia de selección en ninguno de los marcadores. La evidencia disponible sugiere que la distribución actual de P. schmidlyi es resultado de dispersión seguida de una rápida explosión de la población sobre las partes altas de la SMO a finales del Pleistoceno, como resultado del enfriamiento glacial de las mismas.