A disease with severe neurologic symptoms caused 100% mortality in a small broiler operation in the Gauteng Province, South Africa in late March 2013. Routine diagnostic PCR testing failed to identify a possible cause of the outbreak; thus, samples were submitted for virus isolation, serology, and bacteriology. An avirulent Newcastle disease virus (NDV) strain isolated was identified as a V4-like genotype 1 strain, by DNA sequencing, with a cleavage site of ¹¹²GKQGR↓L¹¹⁷. Real-time reverse transcription PCR identified NDV in the brain but not in cecal tonsils or pooled tracheas, spleens, lungs, and livers. A random amplification deep sequencing of a transcriptome library generated from pooled tissues produced 927,966 paired-end reads. A contig of 2,309 nucleotides was identified as a near-complete avian gyrovirus 2 (AGV2) genome. This is the first report on the African continent of AGV2, which has been reported in southern Brazil, the Netherlands, and Hong Kong thus far. A real-time PCR for AGV2 only detected the virus in the brain but not in cecal tonsils or pooled tracheas, spleens, lungs, and livers. Sequence reads also mapped to the genomes of mycoplasma, Escherichia coli, avian leukosis virus subtype J, and Marek's disease virus but excluded influenza A virus, Ornithobacterium rhinotracheale, avian rhinotracheitis virus, avian encephalomyelitis virus, and West Nile virus. Air sac swabs were positive on bacterial culture for E. coli. The possibility of a synergistic pathogenic effect between avirulent NDV and AGV2 requires further investigation.

Coinfección entre el gyrovirus aviar 2 y el virus de la enfermedad de Newcastle avirulento en una parvada de pollo de engorde con signos neurológicos y alta mortalidad.

Una enfermedad con signos neurológicos graves causó una mortalidad del 100 % en una operación pequeña de pollos de engorde en la provincia de Gauteng, en Sudáfrica a finales de marzo del 2013. Las pruebas rutinarias de diagnóstico por PCR no lograron identificar una posible causa del brote, por lo que las muestras fueron sometidas al aislamiento viral, serología y bacteriología. Se aisló e identificó un virus de la enfermedad de Newcastle no virulento (NDV) como una cepa similar al genotipo 1 V4, por secuenciación de ADN, en el sitio de disociación ¹¹²GKQGR ↓ L¹¹⁷. Mediante un método de transcripción reversa y PCR en tiempo real se identificó la presencia del virus de Newcastle en el cerebro, pero no en las tonsilas cecales o en las muestras agrupadas de tráquea, bazo, pulmones, e hígado. Una amplificación con secuenciación profunda y aleatoria de una biblioteca de transcriptoma generada a partir de muestras agrupadas de tejidos produjo 927,966 lecturas emparejadas. Se identificó un contig de 2309 nucleótidos como un genoma casi completo de un Gyrovirus aviar 2 (AGV2). Este es el primer informe en el continente africano de la presencia del AGV2, que se ha reportado hasta el momento en el sur de Brasil, los Países Bajos y Hong Kong. Un método de PCR en tiempo real para AGV2 sólo detectó al virus en el cerebro, pero no se detectó en las tonsilas cecales, o en las muestras agrupadas de tráquea, bazos, pulmones e hígado. Las lecturas de las secuencias también se relacionaron con el genoma de mycoplasma, Escherichia coli, con el virus de la leucosis aviar subtipo J, y con el virus de la enfermedad de Marek, pero excluyó al virus de la influenza A, Ornithobacterium rhinotracheale, al virus de la rinotraqueítis aviar, al virus de la encefalomielitis aviar y al virus del Nilo Occidental. Los hisopos de sacos aéreos fueron positivos para el cultivo bacteriano de E. coli. La posibilidad de un efecto patogénico sinérgico entre el virus de Newcastle avirulento y el AGV2 requiere de más investigación.