About 35% of all broiler flocks in the United States receive an anticoccidial vaccine, but it is not possible to easily differentiate Eimeria vaccine strains from Eimeria field isolates. Being able to do that would allow using vaccines in a more targeted way. The objective of this study was to collect Eimeria maxima isolates from broiler flocks that received anticoccidial feed additives and flocks that had been vaccinated against coccidia and then test them with a multilocus sequencing typing (MLST) scheme developed for this study. Fecal samples were obtained from commercial broiler flocks in Alabama and Tennessee. Oocyst counts in samples tended to be lower in flocks receiving anticoccidial feed additives and higher in vaccinated flocks. Selected samples were screened for presence of E. maxima by quantitative PCR, and Eimeria spp. composition was investigated by next-generation amplicon sequencing (NGAS) in 37 E. maxima positive samples. Other detected Eimeria spp. besides E. maxima were Eimeria acervulina in 35 samples, Eimeria praecox in 23 samples, Eimeria mitis or Eimeria mivati in 17 samples, and Eimeria necatrix or Eimeria tenella in 10 samples. Six partial E. maxima genes (dnaJ domain containing protein, 70-kDa heat shock protein, prolyl endopeptidase, regulator of chromosome condensation domain containing protein, serine carboxypeptidase, and vacuolar proton-translocating ATPase subunit) of 46 samples were sequenced. The MLST scheme was able to differentiate two vaccines from each other. Three of 17 samples from vaccinated flocks differed from the vaccine used in the flock, while 16 of 29 samples from unvaccinated flocks differed from the vaccine. However, there was also a large number of low-quality, ambiguous chromatograms and negative PCRs for the selected genes. If and when more advanced, possibly next-generation sequencing-based methods will be developed, the genes should be considered as targets.

Tipificación por secuenciación multilocus de Eimeria maxima en parvadas comerciales de pollos de engorde. Alrededor del 35% de todas las parvadas de pollos de engorde en los Estados Unidos recibe una vacuna anticoccidial, pero no es posible diferenciar fácilmente las cepas vacunales de Eimeria de los aislados de campo de Eimeria. La posibilidad de diferenciar entre cepas vacunales y de campo permitiría usar vacunas de una manera más específica. El objetivo de este estudio fue recolectar aislamientos de Eimeria maxima de parvadas de pollos de engorde que recibieron aditivos alimenticios anticoccidiales y parvadas que habían sido vacunadas contra coccidia y luego analizarlos con un esquema de tipificación por secuenciación multilocus (MLST) desarrollado para este estudio. Las muestras fecales se obtuvieron de parvadas comerciales de pollos de engorde en Alabama y Tennessee. Los conteos de ooquistes en las muestras tendieron a ser más bajos en las parvadas que recibieron aditivos alimenticios anticoccidiales y más altos en las parvadas vacunadas. Las muestras seleccionadas se examinaron para determinar la presencia de E. maxima mediante PCR cualitativa, y Eimeria spp. la composición se investigó mediante secuenciación de amplicones de próxima generación (NGAS) en 37 muestras positivas de E. maxima. Además de E. máxima, otras Eimeria spp detectadas, fueron Eimeria acervulina en 35 muestras, Eimeria praecox en 23 muestras, Eimeria mitis o Eimeria mivati en 17 muestras, y Eimeria necatrix o Eimeria tenella en 10 muestras. Se secuenciaron seis genes parciales de E. maxima (proteína que contiene al dominio dnaJ, proteína de choque térmico de 70 kDa, prolil endopeptidasa, proteína que contiene al regulador del dominio de condensación cromosómica, serina carboxipeptidasa y la subunidad de ATPasa vacuolar translocadora de protones) de 46 muestras. El esquema MLST pudo diferenciar dos vacunas entre sí. Tres de 17 muestras de parvadas vacunadas diferían de la vacuna utilizada en la parvada, mientras que 16 de 29 muestras de parvadas no vacunadas diferían de la vacuna. Sin embargo, también hubo una gran cantidad de cromatogramas ambiguos y de baja calidad y PCR negativos para los genes seleccionados. En Cuando se desarrollen métodos más avanzados, posiblemente de próxima generación, basados en la secuenciación, estos genes deben considerarse como objetivos.