Cryptic biodiversity continues to be revealed worldwide, even in apparently well-known groups such as carnivorans. The Neotropical Otter (Lontra longicaudis) presents shape variation in its nose pad, a character that has been used to differentiate species in this group. Based on this, 3 subspecies are recognized: L. l. annectens (Mexico, Central America, and South America west of the Andes), L. l. enudris (Amazon and Orinoco basins), and L. l. longicaudis (Paraná basin and remaining distribution). Previous studies partially supported their distinctness based on mitochondrial DNA markers, morphometrics, and ecological niche modeling. We analyzed genome-wide nuclear markers (ultraconserved elements) of 29 L. longicaudis individuals across the species' range to assess its population structure. Phylogenomic analysis recovered L. longicaudis as paraphyletic with robust support, with 1 clade comprising samples from Mexico and Colombia (trans-Andean populations) and another encompassing the remaining samples (cis-Andean populations), which grouped with 2 other South American species, L. felina and L. provocax. Principal component and admixture analyses strongly differentiated the 2 main L. longicaudis groups, and distinguished the Amazonian individuals from the remaining cis-Andean samples. Our results support the recognition of trans-Andean populations of L. longicaudis as a distinct otter species, which should be recognized as Lontra annectens.

Uma biodiversidade críptica continua a ser revelada em todo o mundo, mesmo em grupos aparentemente bem conhecidos, como os carnívoros. A lontra neotropical (Lontra longicaudis) apresenta variação de formato em sua almofada nasal, característica esta que tem sido utilizada para diferenciar as espécies de lontra. Com base nisso, três subespécies são reconhecidas: L. l. annectens (México, América Central e América do Sul, a oeste dos Andes), L. l. enudris (bacias dos rios Amazonas e Orinoco) e L. l. longicaudis (bacia do rio Paraná e restante de sua distribuição). Estudos anteriores apoiaram parcialmente a distinção das subespécies com base em marcadores de DNA mitocondrial, morfometria e modelagem de nicho ecológico. Neste estudo, nós analisamos marcadores nucleares ao longo de todo o genoma (elementos ultraconservados) de 29 indivíduos de L. longicaudis, distribuídos por toda a sua distribuição, para avaliar a estruturação populacional desta espécie. A análise filogenômica recuperou, com suporte robusto, L. longicaudis como parafilética, com um clado compreendendo exemplares do México e Colômbia (populações transandinas) e um segundo clado englobando os exemplares cisandinos que se agruparam com outras duas espécies sul-americanas, L. felina e L. provocax. As análises de componentes principais e de mistura genética diferenciaram fortemente os dois principais grupos de L. longicaudis e, além disso, distinguiram os indivíduos amazônicos das demais amostras cis-andinas. Nossos resultados apoiam o reconhecimento das populações transandinas de L. longicaudis como uma espécie distinta de lontra, que deve ser reconhecida como Lontra annectens.